2025-10-23
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星智云开依托高内涵筛选与组学平台,为创新药发现提供基于细胞成像及机制验证的一体化解决方案。本文以系统药理学视角重塑药物发现路径,提出将表型数据与通路组学画像融合,以揭示多靶点网络层面的作用机制(MOA)。本文为复杂疾病领域的药物开发提供了新的策略框架,也为高内涵技术在机制发现中的价值提供了坚实依据。
研究指出,过去以“单一靶点高选择性”为核心的研发模式,在复杂疾病中往往难以获得临床转化成功。仅有约10%的候选能从临床早期走向批准,暴露了靶点假设与疾病网络真实结构之间的落差。作者提出,未来的药物发现应以表型变化为起点,通过数据驱动的方式回溯潜在通路与网络节点,从而在更高维度上界定作用机制。这种转向不仅能提高命中筛选的相关性,也能揭示多靶复合效应在疾病调控中的真实贡献。
| 方法 | 优势 | 局限 |
|---|---|---|
| High-content profiling | 高通量,适合纳入多时间点;在大规模实验中具成本优势;机制覆盖广泛,包括非蛋白靶标。 | 同一MOA簇内化合物可能靶点不同;图像分析与计算资源需求高;尚未完全适配复杂3D模型。 |
| L1000 | 中高通量,成本相对合理;机制覆盖广泛,可在大规模筛选中实施。 | 转录组覆盖有限;依赖计算推断可能导致假阴性;成本限制多时间点分析;无法提供翻译后MOA信息。 |
| DRUG-seq | 高通量,规模化成本效益佳;能覆盖大部分转录组,具广泛机制解析能力。 | 成本可能限制多时间点检测;缺乏翻译后修饰层面的MOA信息。 |
| NanoString | 具高精度转录组定量能力,适用于复杂或异质性样本;可在体内外条件下进行多重检测并整合候选蛋白标志物。 | 通量较低;覆盖范围受限于已知经典及非经典信号通路。 |
| Reverse Phase Protein Array (RPPA) | 能高精度量化翻译后通路标志物;样本量小、成本适中;支持多剂量与时间序列研究。 | 机制覆盖受限于高质量单特异抗体的可得性。 |
| Cheminformatics (结构相似性与配体靶点预测) |
高通量,成本低,预测速度快,可快速生成潜在靶点假设。 | 多靶预测需进一步验证;对全新化学骨架不敏感;不适用于非蛋白靶点或新型生物学空间探索。 |
作者系统解析了高内涵成像在 MOA 归因中的关键作用。通过对细胞核、细胞骨架、线粒体、高尔基体等亚细胞结构的多通道荧光标记,研究者能够在同一体系下捕获成千上万个形态学参数。这些“形态指纹”可用于聚类分析,揭示不同化合物间潜在的机制相似性。研究进一步表明,即使未确定靶点,基于表型聚类的相似性模型也能准确预测作用类别。例如,针对食管腺癌的高通量筛选中,一个具有选择性活性的化合物被模型准确识别为“DNA 损伤类”机制,印证了表型数据的预测价值。
在高内涵表型之后,作者整合了多种中高通量通路组学技术:L1000 通过 978 个地标基因推算全转录组响应;DRUG-seq 以经济的测序手段实现大规模基因表达测定;NanoString 平台能在有限样本中精确检测特定通路的动态变化;RPPA 蛋白芯片则补充了蛋白及其翻译后修饰的信息。这些层次共同勾勒出化合物从信号启动到功能终点的系统轨迹,使 MOA 解析从二维描述走向网络级三维建模。
| 分析模块 | 主要内容 | 输出结果 |
|---|---|---|
| 多参数高内涵分析 | 利用表型相似性聚类与机器学习分析细胞图像数据,实现命中化合物的MOA预测与初步分层。 | 获得“表型相似性”模式及初步MOA分类。 |
| 化学信息学 | 基于化合物结构指纹与靶点数据库进行相似性比对(如SEA方法),通过计算推断潜在作用靶点。 | 获得“靶点预测”与“靶点选择性”评分。 |
| 通路组学分析 | 应用 cMAP、L1000、Drug-seq、NanoString、RPPA 等平台,进行转录组与翻译后通路的多时间点定量。 | 获得高精度的通路响应与分子机制画像。 |
| 网络药理学 | 将化学预测与实验通路数据整合进行网络层分析,识别通路节点、共通靶点与生物标志物。 | 明确关键调控通路,提出可验证的机制假设。 |
说明:不同方法的交叉验证可帮助优先确定并推进表型命中化合物的机制研究。
论文提出的整合工作流以“表型筛选—通路解析—网络建模”为主线:先利用高内涵成像在不同细胞系中识别命中与表型聚类,再通过化学相似性与靶点预测工具进行结构归因;随后引入 L1000、NanoString、RPPA 等平台进行时间与剂量维度的通路画像,最终将多模态数据投射至 STRING 或 STITCH 等网络资源中,以识别关键调控节点和潜在协同靶点。这种系统性整合,使 MOA 由单点假设转变为网络推理。
作者认为,当疾病由多通路协同驱动时,单靶点药物往往无法产生稳定疗效。高内涵与通路组学的融合不仅有助于精确界定 MOA,还能为组合疗法和多靶策略提供量化依据。研究强调,机制解析应与靶点去卷积并行开展,以降低误判风险,并为“表型优先”的药物化学系列提供数据支持。这一逻辑的转变,使药物研发更贴近生物网络的真实动态,也为未满足医疗需求的领域开辟了新的探索方向。
星智云开(Sparkmind)是一家专注于神经科学与心血管研究的CRO企业,提供基于电生理与生物显微成像的技术服务,助力创新药研发与机制探索。
Hughes RE, Elliott RJR, Dawson JC, Carragher NO. High-content phenotypic and pathway profiling to advance drug discovery in diseases of unmet need. Cell Chemical Biology. 2021;28(3):338–350. doi:10.1016/j.chembiol.2021.02.015